提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
国台办:坚决粉碎“台独”分裂势力谋“独”挑衅和外部干涉图谋******
中新网1月11日电 国台办发言人马晓光11日表示,新的一年,我们将坚决捍卫国家主权和领土完整,坚决粉碎“台独”分裂势力谋“独”挑衅和外部干涉图谋,坚定维护中华民族根本利益和两岸同胞切身利益。
11日,国台办举行例行新闻发布会。有记者提问:2022年民进党当局大肆勾连外部势力进行谋“独”挑衅,外部势力持续打“台湾牌”,请问对相关形势发展有何预期?大陆方面将如何持续有效遏制?
对此,马晓光表示,2022年,台海局势持续紧张动荡,根源在于民进党当局顽固坚持“台独”立场,勾连外部势力不断进行谋“独”挑衅。一些国家的反华势力出于自身利益纵容支持“台独”分裂势力冒险挑衅,不断虚化、掏空一个中国原则,目的是借台湾问题遏制中国发展进步,阻挠中华民族伟大复兴。
马晓光说,世界上只有一个中国,台湾是中国的一部分。解决台湾问题是中国人自己的事,任何企图把台湾从中国分裂出去的图谋都不可能得逞。搞“台独”分裂注定失败,“倚外谋独”必遭清算。我们敦促有关国家切实恪守一个中国原则,停止向“台独”分裂势力发出错误信号,停止在台湾问题上玩火。
新的一年,我们将坚决捍卫国家主权和领土完整,坚决粉碎“台独”分裂势力谋“独”挑衅和外部干涉图谋,坚定维护中华民族根本利益和两岸同胞切身利益。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)